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消毒和杀菌
次氯酸钠在水处理中主要用于消毒和杀菌。次氯酸钠在水溶液中分解成次氯酸（HClO），次氯酸具有强氧化性，能够穿透微生物的细胞壁，破坏其内部的酶系统，从而达到杀灭细菌、病毒和真菌的效果。此外，次氯酸钠还可以用于洗膜，通过杀菌使生物膜从MBR膜上脱落。
漂白和脱色
次氯酸钠在印染废水中常作为脱色剂或漂白剂使用。其新生态氧具有很强的氧化性，能够将有机染料氧化，起到漂白的作用。在电镀废水中，次氯酸钠还可以用于破氰，处理含有氰化物的废水。
去除COD和氨氮
次氯酸钠可以氧化一部分化学需氧量（COD），但可能会使COD测定值偏高。此外，次氯酸钠还可以用于去除氨氮，通过化学反应将氨氮转化为氮气和水，从而降低水中的氨氮含量。